Йонагуни стал весной 1985 года. Кихачиро Аратаке, работающий инструктором по дайвингу, спустился под воду, чтобы сделать несколько красочных фотографий для туристов.
Его внимание привлекли непонятные каменные выступы правильной геометрической формы. Потрясенный Аратаке сообщил о своей интересной находке официальным властям и журналистам.
Новость стала сенсацией в археологических кругах. В том же 1985 году была организована первая экспедиция для изучения странного подводного объекта.
Таинственные древние сооружения расположены в водах южного побережья острова и имеют площадь порядка 45 тыс. кв. м. Центральное место занимает каменная платформа размером 200×150 м.