Москвой. Точнее, «Кремль», с большой буквы. Тем временем, и значение, и происхождение этого слова остаются неясными. Во всяком случае, оно не специфически московское — кремли есть или были во время основания в Новгороде, Твери, Коломне, Рязани… Еще во Пскове, где крепость издавна называют Кром.
В общем, много кремлей. По разным версиям, название это может означать, например, кремнос (греч.) — крутая гора; крома — кромка, край, граница (города).
Более вероятна версия происхождения «кремля» от слова «кремь», означающего строевой лес; кремлевое дерево. Тогда кремль — именно деревянное, скорее даже — сосновое укрепление.
Ну, а потом привычное название перешло на дубовые укрепления (собственно, город) и дальше — на каменную крепость. При Юрии Долгоруком и появился первый московский кремль.