Индонезии найдены древние горшочки, содержащие остатки специй. До середины XIX века острова архипелага оставались единственным источником мускатного ореха в мире.
Арабские торговцы до XIII века хранили нахождение архипелага втайне от европейцев. Пряность с тех же времен активно используется в народной медицине для лечения разных заболеваний, хотя на самом деле никакими лекарственными свойствами мускатный орех не обладает.
У него есть несколько иные свойства: орех содержит мощное психоактивное вещество — миристицин. В XIX веке пряность ошибочно считалась способной вызвать выкидыш у беременной женщины, и ее назначали для абортов.